舞台は仮想19世紀末。「機械」と「魂」と「悲劇」を材料に造りだされる悲しき悪性兵器AKUMA。そのAKUMAを造り世界の終焉を目論む「千年伯爵」。その野望を阻止すべく唯一、AKUMAを破壊できる神の結晶「イノセンス」に選ばれた存在、エクソシスト。アレン・ウォーカーもその一人であった。

生まれつき左手に宿っていたイノセンスを武器にアレンは、同じエクソシストの神田ユウやラビ、リナリー・リーなどの仲間たちと共に世界を救うべくAKUMAを破壊し、千年伯爵を倒すための戦いにその身を投じていく…。
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